O Complexo de Saúde São João de Deus possui na instituição Comissões Assistenciais Internas Obrigatórias compostas por membros do Corpo Clínico e colaboradores de diversos setores, cujo objetivo é deliberar, organizar e divulgar normas, práticas ou determinações acerca de um determinado tema.
Atualmente a instituição possui 15 comissões:
01. Comissão de Assistência ao Paciente
02. Comissão de Controle de Infecção Hospitalar – CCIH
03. Comissão de Ética de Enfermagem
05. Comissão de Farmácia e Terapêutica
06. Comissão de Gestão de Obras
07. Comissão Intra-Hospitalar de Doação de Órgãsos e Tecidos para Transplantes - CIHDOTT
08. Comissão de Prevenção de Acidentes com Perfurocortantes
09. Comissão de Revisão de Óbito
10. Comissão de Revisão de Prontuário
11. Comitê de Prevenção de Mortalidade Materna Infantil e Fetal
12. Comitê de Processamento de Produtos para Saúde
14. Núcleo de Segurança do Paciente - NSP
